En su fase inicial y hasta la eventual constitución de una Fundación o Corporación Educacional independiente, el Rector, el Director Académico, el Secretario General, los miembros del Consejo Académico, y los otros cargos de responsabilidad que se establezcan en Universitas Nueva Civilización, son nombrados de común acuerdo por los Representantes Legales de Uvirtual.net y de IFICC.
El Consejo Académico es una instancia colegiada de carácter consultivo y de orientación académica de Universitas Nueva Civilización, para la definición de las políticas y los planes de desarrollo, los Reglamentos académicos y las condiciones en que se ofrecen los programas de estudios y los servicios académicos.
El Rector preside el Consejo, coordina las actividades académicas, y representa a Universitas Nueva Civilización en todas las instancias que correspondan.
El Secretario General oficia como Ministro de Fe y mantiene bajo su responsabilidad los Registros Académicos.
En la medida de sus necesidades, capacidades y recursos, Universitas Nueva Civilización prevé organizarse en Areas académicas, a saber, un Area de Investigación y Publicaciones, un Area de Docencia y Servicios Académicos, y un Area de Proyectos, Comunicaciones y Relaciones Internacionales.